在故事中,故事将从《灰色乐园》结局后开始,描述原本的「CIRS」(Central Intelligence and Research Second)美日联合反恐组织,在《灰色乐园》事件后重组为「SORD」(Social Ops, Research & Development)。 SORD在改组后,不但与各地学校合作,还以个人名义将废校后闲置的「美滨学园」收购,改建为「特殊技能训练校」,并收容因各种理由失去容身之地的少女们,训练她们前往执行各种危险任务。至于在这次的《4》中,将从自圣艾尔外国人学校回来的九真城恵,在女主角桐花(トーカ)的帮助下,大幅提升了自己狙击手的技巧,并与伤愈复归的玲奈、真纪等人一起磨练自己的技巧。
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